Perang Cawan Suci Kelima berlanjut, dan kekacauan yang terjadi kemudian menghasilkan taruhan yang lebih tinggi untuk semua peserta. Shirou Emiya terus berpartisipasi dalam perang, bercita-cita menjadi pahlawan keadilan yang menyelamatkan semua orang. Dia berangkat untuk mencari kebenaran di balik bayangan gelap misterius dan pembunuhannya, bertekad untuk mengalahkannya.
Sementara itu, Shinji Matou mulai menjalankan rencananya, mengancam Shirou melalui adiknya Sakura Matou. Shirou dan Rin Toosaka bertarung melawan Shinji, berharap bisa membebaskan Sakura dari perlakuan sewenang-wenang yang dilakukan kakaknya. Tapi kebenaran buruk dari saudara Matou mulai muncul, dan banyak rahasia gelap terungkap.
Fate/stay night Movie: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly yang Hilangterus berfokus pada Master dan Servant yang tersisa saat mereka bertarung satu sama lain dengan harapan mendapatkan Holy Grail. Namun, saat kegelapan muncul di dalam Kota Fuyuki, bahkan kondisi perang suci mereka bisa berada dalam bahaya.
