Lama yang lalu, semua manusia yang tinggal di bawah laut. Namun, beberapa orang lebih suka permukaan dan ditinggalkan bawah laut yang hidup secara permanen. Sebagai konsekuensinya, mereka dilucuti dari mereka yang diberikan tuhan perlindungan disebut Ena yang memungkinkan mereka untuk bernapas di bawah air. Dari waktu ke waktu, keretakan antara penghuni laut dan permukaan melebar, meskipun kontak antara kedua bangsa masih ada. Nagi no Asu kara berikut cerita Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama dengan teman masa kecil mereka Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki, yang dipaksa untuk meninggalkan laut dan menghadiri sekolah di permukaan.
Di sana, rombongan juga bertemu Tsumugu Kihara, sesama mahasiswa dan nelayan yang mencintai laut. Hikari dan kehidupan teman-temannya' terikat untuk berubah karena mereka harus berurusan dengan kebencian yang mendalam dan diskriminasi antara orang-orang dari laut dan dari permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta yang akan datang badai yang bisa mengeja doom untuk semua orang yang diam di permukaan.
